Apesar de ambos serem sistemas controladores de operações de comércio exterior cada um tem seu objetivo diferente.
O Siscomex controla as operações de importação e exportação de mercadorias.
O Siscoserv controla as operações de importação e exportação de serviços, bens intangíveis e/ou que gerem variações no patrimônio das instituições.
Visto o objetivo diferente, cada sistema tem seu próprio portal e formato de funcionamento.